Es importante entender cómo la toma de muestras puede afectar a la calidad de los resultados obtenidos. La situación ideal es aquella se realiza de forma espaciada en el tiempo de cualquier aplicación de fertilizante, hasta que se produce el equilibrio entre los nutrientes del suelo. Así, por ejemplo, la aplicación de un solo nutriente puede afectar al nivel de otros, caso de la potasa (K) que una vez disuelta actúa como un extractante y desplaza a otros cationes como el Calcio y el Magnesio del complejo de cambio.
La profundidad de las mismas es así mismo muy importante; puede realizarse de forma simple o estratificada donde se examinan las muestras de suelo a diferentes profundidades. Como mínimo se deberían estudiar los primeros 6 -7 cm, y si se requiere estudiar la muestra estratificada se puede continuar con otra muestra hasta los 12 cms y así sucesivamente, siendo 3 profundidades más que suficiente. No es posible comparar resultados de muestras de diferentes profundidades o estratos. Estas técnicas de estratificación nos darán información de cómo se van produciendo los lavados de sales, por ejemplo, o si existen deficiencias de algún nutriente como el fósforo, de poca movilidad.
Tras el examen por parte de Stevens de miles de muestras de diferentes tipos de suelo, se ha comprobado, independientemente de la profundidad de las raíces, que el mayor intercambio de humedad y salinidad se produce en los primeros 6-7 cm de suelo
Conforme el agua de riego se equilibra con el agua de poro de los primeros 6-7 cm, las diferencias entre ambas especiaciones químicas disminuyen y así los intercambios que se producen.
La obtención de la muestra debe realizarse con herramientas que permitan la replicación continuada de la misma profundidad, para ello existen barrenas específicas.
Además, la parte foliar debe incluirse en la muestra y el laboratorio debe ser el que realice el tamizado de la parte orgánica superior.