É importante compreender como o recolha de amostras pode afetar a qualidade dos resultados obtidos. A situação ideal é aquela em que qualquer aplicação de fertilizante é espaçada no tempo, até se atingir o equilíbrio entre os nutrientes no solo. Assim, por exemplo, a aplicação de um único nutriente pode afetar o nível de outros nutrientes, como no caso da potassa (K) que, uma vez dissolvida, actua como um extrator e desloca outros catiões, como o cálcio e o magnésio, do complexo de troca.
A profundidade das amostras de solo também é muito importante; pode ser efectuada de uma forma simples ou estratificada, em que as amostras de solo são examinadas a diferentes profundidades. No mínimo, devem ser estudados os primeiros 6-7 cm e, se for necessário estudar a amostra estratificada, pode ser recolhida outra amostra até 12 cm e assim sucessivamente, sendo 3 profundidades mais do que suficientes. Não é possível comparar resultados de amostras de diferentes profundidades ou estratos. Estes técnicas de estratificação dar-nos-á informações sobre a forma como estão a ocorrer as lavagens salinas, por exemplo, ou se há deficiências de um nutriente como o fósforo, que não é muito móvel.
Após a análise de Stevens de milhares de amostras de diferentes tipos de solo, verificou-se que, independentemente da profundidade das raízes, a maior troca de humidade e salinidade ocorre nos primeiros 6-7 cm de solo.
À medida que a água de irrigação se equilibra com a água dos poros nos primeiros 6-7 cm, as diferenças entre as duas espécies químicas diminuem, assim como as trocas que ocorrem.
A amostra deve ser obtida com ferramentas que permitam a repetição contínua da mesma profundidade, para o que existem brocas específicas.
Além disso, a parte foliar deve ser incluída na amostra e deve ser o laboratório a efetuar a peneiração da parte orgânica superior.