Il est important de comprendre comment le collecte d'échantillons peut affecter la qualité des résultats obtenus. La situation idéale est celle où tout apport d'engrais est espacé dans le temps, jusqu'à ce que l'équilibre entre les éléments nutritifs du sol soit atteint. Ainsi, par exemple, l'application d'un seul élément nutritif peut affecter le niveau d'autres éléments nutritifs, comme dans le cas de la potasse (K) qui, une fois dissoute, agit comme un extracteur et déplace d'autres cations tels que le calcium et le magnésium du complexe d'échange.
La profondeur des échantillons de sol est également très importante ; elle peut être simple ou stratifiée, c'est-à-dire que les échantillons de sol sont examinés à différentes profondeurs. Au minimum, les premiers 6-7 cm doivent être étudiés, et si l'échantillon stratifié doit être étudié, un autre échantillon peut être prélevé jusqu'à 12 cm et ainsi de suite, 3 profondeurs étant plus que suffisantes. Il n'est pas possible de comparer les résultats d'échantillons de profondeurs ou de strates différentes. En effet, ces techniques de superposition nous renseignera par exemple sur la manière dont se produisent les lavages de sel ou sur les carences en nutriments tels que le phosphore, qui n'est pas très mobile.
Suite à l'examen par Stevens de milliers d'échantillons de différents types de sol, il a été constaté, quelle que soit la profondeur des racines, que le plus grand échange d'humidité et de salinité se produit dans les 6-7 premiers centimètres du sol.

Au fur et à mesure que l'eau d'irrigation s'équilibre avec l'eau interstitielle dans les 6-7 premiers centimètres, les différences entre les deux espèces chimiques diminuent, de même que les échanges qui ont lieu.
L'échantillon doit être obtenu à l'aide d'outils permettant une reproduction continue de la même profondeur, pour lesquels des forets spécifiques sont disponibles.

En outre, la partie foliaire doit être incluse dans l'échantillon et le laboratoire doit être chargé de tamiser la partie organique supérieure.



